Митохондриальную ДНК пещерного медведя, жившего 300 тысяч лет назад на территории современной Испании, восстановила международная группа ученых. Успех секвенирования обусловил новый метод, позволяющий «склеивать» молекулы наследственности из коротких обрывков.
Продвинутую методику изучения ископаемых ДНК разработал Маттиас Мейер из Института эволюционной антропологии имени Макса Планка. Первое же применение – на митохондриальном материале среднеплейстоценового пещерного медведя – увенчалось успехом. Анализируя восстановленный геном, ученые выяснили, что данный вид пещерных медведей (Ursus deningeri) ведет свою родословную от сестринской группы, отделившейся в прошлом от предков остальных медведей.
«Мы представляем доработку распространенной методики экстракции ДНК на основе диоксида кремния, которая в сочетании с одноцепочеченой библиотекой позволяет эффективно восстанавливать древние молекулы ДНК на основании очень коротких (порядка 30 пар оснований) фрагментов, – сообщили Мейер и его коллеги. – Мы описываем результаты применения нашего метода на кости древнего пещерного медведя из Сима де лос Уэсос (Испания), пещеры, в которой находится местонахождение ископаемых остатков среднейплейстоценовой фауны, в том числе и гоминин».
Некоторое время назад ученые прочитали ДНК древних лошадей, остатки которых 700 тысяч лет хранились в вечной мерзлоте Канады. Однако для ископаемых материалов, происходящих не из зоны тундры, «срок годности» для секвенирования ДНК обычно составляет 100-120 тысяч лет. Таким образом, новая методика отодвинула этот рубеж сразу на 200 тысяч лет.
Изучив расшифрованные данные ДНК, Мейер и его команда построили филогенетическую схему родственных взаимоотношений известных видов древних медведей. Судя по ней, Ursus deningeri ответвляется от общего предка U. spelaeus и U. ingressus, превращаясь для него в сестринскую группу.
Этот же метод в принципе применим и для другой среднеплейстоценовой фауны, пишет GenomeWeb. Однако для получения более достоверных и подробных результатов его еще предстоит доработать.
Статья «Complete mitochondrial genome sequence of a Middle Pleistocene cave bear reconstructed from ultrashort DNA fragments» доступна на сайте PNAS
